ישנם הרבה סתירות בדברי השו"ע, שנבוכו בהם האחרונים ונדחקו ליישב הדברים, פעמים בטענה ש'חזר בו', ופעמים עשו אוקימתות בדברי השו"ע שלא נזכרו בדברי הב"י ובדברי שאר הראשונים, ועוד תירוצים שונים. וישנם דוגמאות שונות בדבר:
כגון, מותר השמן בנר חנוכה שהתערב האם בטל או לא, השולחן ערוך (באו"ח סימן תרע"ז)...