שם הספר "מגדלות מרקחים" לקוח מפסוק בשיר השירים (ה, יג) "לחיו כערוגת הבשם מגדלות מרקחים שפתותיו שושנים נטפות מור עבר".
ובמדרש רבה שם: אמר ר' תנחומא, מה מגדלות הרקח הזה יש בו מכל מיני בשמים, כך התורה יש בה מקרא, משנה, ותלמוד, והלכות ואגדות.
ובמדרש רבה שם: אמר ר' תנחומא, מה מגדלות הרקח הזה יש בו מכל מיני בשמים, כך התורה יש בה מקרא, משנה, ותלמוד, והלכות ואגדות.