ובענין הנ''ל:
יחוס הוידוי הארוך לרבנו ניסים כנראה לא נכון ושגוי
יתכן וההתחלה ''רבונו של עולם'' ו''במה אקדם'' וכו', זה שייך לו, אבל ה''אשמנו'' הארוך ברור שמתקופה מאוחרת יותר, ותחת השפעת המקובלים, ולענ''ד ככל הנרא חובר ארחי זמן רבנו האר''י.
ראיה א': ''ברוך הוא וברוך שמו לא ענינו בהזכרת הברכות'' – למרות שלפני הרא''ש בודאי לא היה נהוג לומר כן, ועד היום בכמה קהילות א''א כן, בעיקר הנוהגים ע''פ הגר''א, החזון איש, הרמב''ם, ועוד. מנהגנו הוא בעיקר ע''פ השו''ע, וגם המקובלים סוברים שיש בזה ענין עצום.
ראיה ב': ''דברנו בבית הכנסת ועם התפילין'' – לא ידוע שיש איסור לדבר עם התפילין, אולי הכוונה לדברים בטלים וכדו', וגם זה לא בטוח שאסור, ואולי רק ממידת חסידות. עכ''פ אין כאן ראיה גמורה שזה לא מרב ניסים גאון, ורק אגב כתבתי ענ''ז.
ראיה ג': ''התפללנו ביחיד ובטלנו צ' אמנים וד' קדושות וי' קדישים'' - לפי מה שיודע לי ענין זה מוזכר לראשונה בדברי האר''י, ואין מקור בראשונים לצ' אמנים וי' קדישים, ואדרבה, לפי הנוסח שהיה נהוג בזמן הראשונים, רמב''ם, נוסח אשכנז ועוד, אין י' קדישים בתפילה. אשמח אם יוכיחו לי אחרת. עכ''פ ענין זה בודאי לא מוזכר בש''ס ובגאונים.
ראיה ד': ''הוצאנו שם רע עלך החיים ועל המתים'' – כמדומה שהראשון שהזכיר את תקנת הקדמונים לא להוציא שם רע על המתים הוא המרדכי, אף שהביא בשם ה''קדמונים'' מ''מ לא מצאתי (עדיין) מקור לזה בזמן הגאונים, אף שיש לזה סמך ממדרש תנחומא, סוף סוף צריכים מקור לאיסור.
ראיה ה': ''למדנו תורה שלא לשמה ושלא בקדושה ובטהרה'' – משפט זה אינו מתאים כ''כ לתקופת הגאונים, אם כי אין מכך כ''כ ראיה שהוידוי אינו קדמון.
ראיה ו': ''פגמנו בעולמות העליונים'' – משפט שאינו מתאים כלל לתקופת הגאונים, אלא לתקופה מאוחרת לאחר התגלות הזוהר והקבלה.
ראיה ז': ''פגמנו באות ברית קודש'' – כנ''ל. המושג הנ''ל לא נמצא בספרי הקדמונים. הביטוי ''פגמנו'' הוא ע''פ המקובלים, וגם הגר''מ מזוז זצ''ל טען שיתכן ופיוט ''לך אלי'' הוא מאוחר יותר מהמיוחס אליו, משום שמופיעה בו המילה ''פגמתי'', ביטוי שלא היה נהוג בזמן הגאונים.
ראיה ח': ''קלקלנו צינורות השפע והכפנו אותם לבארות נשברים וכו''' – כנ''ל, זה גם ענין 'קבלי' ולא מצינו כדוגמתו בש''ס ובקדמונים.
כמדומה שאפשר לדייק עוד כמה ענינים, וגם לא כולם ראיות ברורות וחזקות, אך מ''מ נראה דוחק לומר שזה מזמן ר' ניסים גאון ז''ל.