אפשר לבאר לפי דברי החת"ס הידועים שאליהו מתגלה בשתי בחינות, אחת בתורת מלאך ואחת בתורת אדם, ומה שמורה הלכות הוא כשמתגלה בתורת אדם ולכן לא שייך לומר אז "לא בשמים היא", לפ"ז יש לומר שמתחילה לא שאלו לאו כהן הוא מר משום שחשב שמתגלה בתורת מלאך ואז אינו חייב במצוות, אבל אחר שהשיב על שאלותיו וראה שהתגלה בתורת אדם ולכן יכול לפסוק הלכות אז שאלו כיצד נטמא למתים,