לגבי שאלת הרב לוריא שליט"א בנוגע לנוסחאות התפילה, יתכן שהיה צריך להרחיב נושא זה במבוא לסידור (אשתדל אולי במהדורות הבאות שיצאו בעז"ה). ובכן, היות ומטרת הסידור העיקרית היתה לבאר את התפילה, לכן במהדורות הראשונות השתדלתי לא להיכנס למחלוקות, והבאתי גם את הנוסחאות שנמצאות בסדור של הרה"ג מאיר מאזוז שליט"א שהפכו להיות נפוצות בקרב הציבור, וגם כמובן את נוסחאות הבא"ח עד כמה שניתן (בד"כ הופיע כתוספת בסוגריים). גם הראנו את הסידור לרב עובדיה יוסף זצ"ל והעיר לי רק הערה אחת לגבי הנוסח שאינו רוצה שנעשה כמו הרב מאזוז (אמנם יש לציין שלא עבר על הכל בדקדוק). אולם לאחר שבנו ממשיך דרכו, מורנו הרב יצחק יוסף שליט"א יצא בתוקף נגד השינויים של הרב מאזוז, אז עשיתי כעצתו והשארתי רק את הנוסחאות הנוספות של הרב בא"ח.
כך שהסידור בעיקרו הוא נוסח הרב יבי"א, ובכל המקומות שאין זה כך, לרוב אלו מקומות שגם הרב לא שלל את הגירסא האחרת, ומצאנו לנכון שהיא עדיפה. הסיבה לכך היא שבברור נוסחת תפילה יש להתחשב לא רק במנהגים אלא גם בכוונת התפילה עצמה, ולא הגיוני להביא נוסחה שאיננה מתאימה לפירוש. וכיון שהעיקר בסידור זה הוא הפירוש לכן הוכרע לפי הנוסח המתאים לו. ואמנם יהיו כאלו שיטענו שצריך לפרש לפי הנוסח הקיים, אולם אינני סובר שזה סדר הדברים הנכון בסדור הבא לפרש את התפילה, אלא עלינו קודם כל לברר את כוונת חז"ל על פי הקשרם במקור ועל פי פירושי הראשונים. ולכן יתכנו מקרים שהנוסח המעודף היה נוסח שפחות נפוץ, אבל הוא נבחר כיון שהוא מתאים יותר לכוונת חז"ל, ובתנאי שיש לו סימוכין במנהגי הספרדים. במקום שמוכח שהנוסח שהיה לראשונים היה שונה משלנו אז כתבתי את הפירוש בהערה ולא בגוף הטקסט.
אמנם היו מקרים מעטים ששיניתי נוסח תפילה במקום שהוכח שהוא מוטעה או שיבוש של צנזורה, וזאת בד"כ לאחר בירורים רבים וראיות מכתבי יד של סדורים עתיקים, וכן בעקבות מה שעוררו אחרונים לתקן הדבר (כגון לוח ארש ליעב"ץ שמעורר על הרבה שינויים שהוכנסו בטעות, וכן ה"ר שבתאי סופר מפרעמישלא ועוד). בד"כ לא יזמתי זאת מעצמי, כיון שאין זו מטרתי בסדור זה, ולדעתי העיסוק הרב בזה מסיח את הדעת מתכלית מצוות התפילה. אולם לאחר שהעירו את תשומת לבי לכך ת"ח גדולים שעיסוקם העיקרי הוא חקירת נוסח התפילה הקדום המקורי, כמו הרב אהרן גבאי וכן הרב און אברהם הכהן סקאלי מאופקים, שהביאו ראיות רבות מכתבי יד לגבי נוסח תפילה, אז השתדלתי להכנס לעומק הסוגיה ולברר אותה היטב עד כמה שניתן, וכאשר מצאתי שדבריהם מוכרחים אז שיניתי. אך גם במקום כזה השתדלתי להביא את שתי הנוסחאות (כמו בברכת למלשינים שהבאנו במהדורה החדשה למטה גם את הברכה המקורית לפני הצנזורה, וכן בברכת הקידוש בעניין ההוספה "כי בנו בחרת ואתנו קדשת").
